A Equipa de Hidrobiologia foi criada em 1983, no âmbito do Instituto de Ciências Biomédicas da Universidade do Porto, tendo posteriormente integrado o CIIMAR aquando da sua fundação.

As suas actividades incluem investigação, consultoria e divulgação. O laboratório desenvolve a sua investigação em ecologia e conservação de sistemas aquáticos seguindo a abordagem One Health, centrando-se em três áreas principais: i) qualidade da água, dinâmica estuarina e costeira, abrangendo múltiplos aspectos como as características físico-químicas, biológicas (plâncton) e microbiológicas, poluição por nutrientes, emissões de gases com efeito de estufa; ii) avaliação e ecologia de poluentes microbianos emergentes, tais como vibrio, aeromonas e bactérias resistentes a antibióticos, entre outros microrganismos com relevância para a segurança dos produtos do mar e para a saúde pública; iii) saúde pública em África, deficiência de iodo e avaliação de doenças transmitidas pela água, problemas ambientais relacionados com a água no cenário actual de alterações climáticas catastróficas. O laboratório de Hidrobiologia está também envolvido, em cooperação com outras instituições, no desenvolvimento de novos métodos analíticos mais ecológicos, incluindo métodos baseados em papel, para a detecção no local de parâmetros químicos e microbiológicos destinados a aplicações clínicas e ambientais.